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兼并代表性亚硫酸氢盐测序【RRBS】
- 作者:IVDSHOW
- 来源:IVDSHOW
- 发布时间:2022-06-09 18:31
- 访问量:
【概要描述】RRBS快速文库构建试剂盒包括了DNA文库构建的所有试剂,仅需很少的生物样本即可快速完成文库制备。 更多视频请关注视频号【艾维缔】。哔哩哔哩【IVDSHOW】。抖音【军哥聊表观】。
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- 分类:公司新闻
- 作者:IVDSHOW
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- 发布时间:2022-06-09 18:31
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DNA甲基化因其在调控基因及其表达方面的作用而众所周知。 它涉及在胞嘧啶环的5碳位置共价添加一个甲基,形成5-甲基胞嘧啶,或5mC。DNA甲基化的异常可以导致许多病症的发展和恶化,包括炎症、代谢、感染、心血管和神经系统疾病以及癌症。因此,这种表观遗传修饰已成为甲基组研究的一个主要焦点和一个有吸引力的治疗目标。
有多种实验技术可用于研究5mC,其中亚硫酸氢盐测序是比较流行的全基因组DNA甲基化分析方法。这种策略结合了亚硫酸氢盐转化(一种化学反应,未甲基化的胞嘧啶被脱氨为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶被保留下来)和测序,以便在单碱基分辨率下识别5mC位点。
全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)通常被认为是DNA甲基化分析的 "黄金标准",通常用于确定整个基因组的单个胞嘧啶的甲基化状态。兼并代表性的亚硫酸氢盐测序(RRBS)提供了一种更有针对性和成本效益的方法,重点覆盖主要发现5mC的CpG二核苷酸密集区域。
通过富集含有高CpG含量的基因组区域,包括CpG岛、基因启动子和重复序列,RRBS大大减少了(低至1%)基因组测序的数量,从而为有预算的研究人员提供了一种经济的选择。标准的RRBS操作流程需要通过一种甲基化不敏感的限制性酶,如MspI,消化分离和纯化的基因组DNA,该酶专门针对5′-CCGG-3′图案,而不考虑CpG甲基化状态,并产生不同大小的DNA片段。随后是末端修复和A-tailing、适配接头连接、片段大小选择、亚硫酸氢盐转化、文库扩增和纯化,然后再进行测序。
传统的RRBS有几个缺点。它需要相对大量的DNA作为输入材料,而这些材料很难从有限的生物样本中制备,如肿瘤活检、早期胚胎、胚胎组织和ccfDNA。 连接后的亚硫酸氢盐转化会导致适配接头/DNA片段构建中的大部分DNA插入被破坏,从而形成单标签模板,这些模板将在文库富集过程中被移除。 因此,在进行RRBS时,会出现不完全覆盖和偏差。这也是一个耗时的过程,大约需要2天。
为了解决这些问题,IVDSHOW开发了RRBS快速文库构建试剂盒(目录# A-P-1069),它具有以下特点和优势。
- 方便。这个全套式试剂盒配备了MspI消化、亚硫酸氢盐转换和基于Illumina的文库DNA制备的全部要件。
- 速度快。整个过程,从消化到可使用的文库,可在4小时内完成。
- 特异性。完全(>99%)的C-U转换,5mC-T转换可以忽略不计。
- 输入要求低,低至10ng的起始DNA。创新的亚硫酸氢盐DNA直接适配接头连接,最大限度地减少了样品损失,使该试剂盒成为珍贵、低丰度标本的理想选择。
- 灵活性,允许非条形码(单倍体)和条形码(多倍体)库的制备。
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