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人/大鼠/小鼠rRNA去除试剂盒
转录组测序能全面快速地获得某一物种特定组织或器官在特定状态下的几乎所有转录本序列信息,是研究基因表达调控的主要手段。转录组测序中样品是来源于细胞或组织中经分离的总RNA,包括编码RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)。而ncRNA又包括lncRNA、rRNA、tRNA、miRNA和circRNA等。对于转录组分析中的目标RNA(mRNA和LncRNA),rRNA的数据属于冗余信息,因为rRNA含量占RNA总量的80%以上,且提供的转录本信息非常少,浪费了宝贵的测序数据。所以,在RNA测序的过程当中,首先要解决的问题,是如何去除rRNA。
图1:RNA分类导图
rRNA去除方法的比较
现有的用于rRNA去除的方法主要有两种。一种是通过DNA探针或者RNA探针杂交捕获rRNA再用链霉亲和素磁珠吸附去除的方法,这种方法称为Ribo-Zero-seq,比如Illumina Ribo-zero和Thermo RiboMinus系列所用的方法。这种方法操作简单,可应用于混合样本,但是需要的样本起始量高(1 μg以上)且对样本的完整性有较高要求,rRNA的残留率也相对比较高,价格昂贵。另一种方法的RNase H消化法,采用特异性的DNA探针与rRNA杂交,利用RNase H能够特异性消化DNA-RNA杂交链中的RNA单链,而未与探针杂交的mRNA,lncRNA等不受影响,从而富集目标RNA。该方法需要的样本起始量比较低(低至100 ng)且可适用于部分降解的样本,而且rRNA的残留率比方法一要低,价格相对便宜。IVDSHOW的新品核糖体RNA去除试剂盒采用的方法是RNase H消化法,能够高效去除核糖体RNA。
图2:RNase H消化法原理图
高效去除rRNA
IVDSHOW最新出品的核糖体RNA去除试剂盒【人/大鼠/小鼠rRNA去除试剂盒】正是利用RNase H消化的方法进行去除的。该试剂盒能够去除人、小鼠和大鼠Total RNA中的核糖体RNA(包括28S、18S、5.8S、5S和线粒体rRNA 16S、12S),保留mRNA和其他非编码RNA信息(lncRNA、circRNA等)。试剂盒中的杂交探针是由IVDSHOW协作单位专业的研发团队精心设计的针对人/小鼠/大鼠等哺乳动物的特异性探针,在保证RNA转录本完整的前提下,达到最大化的去除rRNA的目的。并且,经过我们内部的多次测试,rRNA的去除效率立竿见影,屡试不爽。
图3:a)qPCR检测rRNA表达量的变化;b)qPCR检测GAPDH表达量的变化;c)rRNA残留率比较图
以下是研发实验室测试的部分数据,可见,Ribomoval试剂盒的rRNA去除效率高且效果稳定。
图4:研发实验室部分测试样本rRNA残留率
通过以上的研究对比分析可以看出,rRNA去除试剂盒(Human/Mouse/Rat)的整体性能略优于市面上的主流产品,对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,经rRNA去除所获得的RNA可用于mRNA和非编码RNA的高通量测序分析,能显著提高测序结果中有效数据比例,是人、大小鼠等哺乳动物RNA文库构建中去除rRNA的优选。
产品特点
样品广泛:对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果。
高效去除:可有效去除人/小鼠/大鼠的95%-99.9%的rRNA,去除效率高且效果稳定。
数据全面:保留mRNA和其他非编码RNA信息(lncRNA、circRNA等),使转录组数据更加全面。
兼容性强:与各种RNA纯化方法和RNA建库试剂盒兼容。
适用范围:适用于人、小鼠或大鼠来源的0.1~1 μg Total RNA样本。
产品组分
组分内容 |
型号:S0101(12次) | 型号:S0102(24次) | 型号:S0103(48次) |
型号:S0104(96次) |
储存温度 |
Probe Buffer | 36 ul | 72 ul | 144 ul | 288 ul |
-20℃ |
Probe Mix(H/M/R) | 24 ul | 48 ul | 96 ul | 192 ul |
-20℃ |
RNase H Buffer | 24 ul | 48 ul | 96 ul | 192 ul |
-20℃ |
RNase H | 12 ul | 24 ul | 48 ul | 96 ul | -20℃ |
DNase I Buffer | 60 ul | 120 ul | 240 ul |
480 ul |
-20℃ |
DNase I | 12 ul | 12 ul | 12 ul |
96 ul |
-20℃ |
说明书 |
1份 | 1份 | 1份 | 1份 |
室温 |
文件资源
文件下载 | 文件内容 | 资源说明 |
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S0101-人/大鼠/小鼠rRNA去除试剂盒 | 操作手册 |
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S0101-人/大鼠/小鼠rRNA去除试剂盒相关说明 | 宣传单页 |
注意事项
保存建议 | 厂家推荐蓝冰运输。当您收到产品后,按照说明书建议保存于-20°C。 |
警告 | 一般仅供科研使用,请勿用于临床与诊断。 |
FAQ
1. 阳性对照反应
1. 用HyperScribeTM T7 High Yield RNA Synthesis Kit试剂盒转录2μL EGFP对照组模板,不要在转录反应中加入放射性标记的UTP示踪剂。
2. 按照T7 RNA合成试剂盒的中的方法,用DNase I处理转录本。
3. 根据第3部分的方法给转录本加poly(A)尾,但额外加入[α-32P] ATP(任何特异性都可以用);通过跟踪放射性标签,可以更容易地检测出在终反应中有多少ATP结合到poly(A)尾中;记得在向反应混合液加入E-PAP之前吸取留样,作为无酶反应体系(阴性对照)。
4. 通过TCA沉淀法检测结合的带标记的RNA。(成功的加尾反应结合至少50%的放射性标签)
5. 取0.5μl的阳性对照反应液及相应的无酶反应液进行电泳(用2.5%的甲醛-琼脂糖凝胶),同时用RNA markers。
(加poly(A)尾的产物其电泳条带应该比无酶反应产物的条带大至少150碱基)
2. 凝胶中无RNA可见
1. 转录反应的问题
参考T7 RNA合成试剂盒(HyperScribeTM T7 High Yield RNA Synthesis Kit)方法的注意事项。
2. RNase污染
用RNaseZap® Solution处理所有设备及凝胶盒等,并用RNase-free的管子和试剂。
3. 加尾反应后的产物RNA与未加尾的没有可见的大小区别(在凝胶中)
1. 通过阳性对照反应检查试剂盒的组分
验证阳性对照反应结合了至少50%的放射性标记的ATP。
2.如果阳性对照没问题,但实验组的转录本出现问题
凝胶分辨率不足
如果实验组转录本有几Kb大小,琼脂糖凝胶的分辨率可能不足以分辨尺寸的变化。用标签示踪法检测反应(见下部分)
标签示踪法
如果阳性对照反应的产物比无酶反应产物更大,但实验组不是这样,那么就在加尾反应体系中加入示踪标记,通过TCA沉淀法测量结合的标记。
如果结合的标记少于50%, 但放射性标签的掺入大于背景,增加酶的用量或ATP的浓度可能实现理想长度poly (A)加尾的生成。
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