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MeDIP试剂盒采用免疫沉淀的方法富集甲基化的单链DNA片段。试剂盒包含甲基化胞嘧啶特异性单抗，桥连抗体，以及甲基化DNA免疫沉淀实验中需要用到的缓冲液。抗体的高特异性及亲和力可以确保从包含羟甲基化及其他DNA甲基化变体的单链DNA样本中分离甲基化片段。
MeDIP试剂盒选用磁珠，实现简单快速的操作流程。减少实验中清洗及孵育步骤，为研究者节省宝贵时间。试剂盒还包含MseI酶切的人类基因组DNA及PCR引物作为阳性对照，验证实验组的富集效率。另外，试剂盒中的磁条可以为沉淀和富集后的甲基化DNA分离和洗脱提供便利。
5-甲基化（5-mC）DNA免疫沉淀
甲基化DNA免疫沉淀基于免疫捕获技术，使用甲基化胞嘧啶的特异性抗体免疫沉淀基因组中富集甲基化DNA的片段。MeDIP适用于超声或酶切片段化处理后的单链DNA样本。5-mC甲基化单抗协同桥连抗体共同实现富含5-mC甲基化DNA片段的特异性获取。Protein G磁珠的使用可实现快速有效的捕获，沉淀后从磁珠洗脱即可获得特异性的5-mC甲基化DNA样本。这种特异性选择至关重要，因为绝大多数DNA甲基化的分析方法如酶切及重亚硫酸盐转化等都无法实现区分5-甲基化胞嘧啶（5-mC）和5-羟甲基化胞嘧啶(5-hmC)。
MeDIP试剂盒中高亲和力的5-mC抗体只识别甲基化胞嘧啶，不管DNA序列如何，保证了所有序列区间的甲基化胞嘧啶检测。这意味着和使用甲基结合蛋白（MBD）亲和富集的方法只识别CpG甲基化不同，MeDIP方法即使甲基化不发生在CpG双核苷酸序列区间也可以富集到。
图2 使用DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒和不使用桥连抗体的检测结果
MseI酶切人类基因组DNA（500ng）使用MeDIP试剂盒5-mC单抗或小鼠IgG，在使用和不使用桥连抗体情况下进行检测。洗脱DNA样本经纯化后使用ZC3H13引物定量PCR分析。实验发现，使用5-mC单抗配合桥连抗体能够特异性的富集甲基化DNA，小鼠IgG或者不配合桥连抗体都没有富集效果。实验中使用的ZC3H13位点在人类基因组DNA确定会发生甲基化，因此一定会有效扩增。显示的数据为样本重复2次实验结果。
图3：使用ZC3H13和GAPDH引物的定量PCR结果
MseI酶切人类基因组DNA（500ng）使用MeDIP试剂盒5-mC单抗或小鼠IgG进行检测。洗脱后DNA用染色质免疫沉淀(ChIP)DNA纯化试剂盒 (型号：CN58002) 进行纯化，并用阳性 ZC3H13 PCR引物和阴性GAPDH PCR引物定量PCR。结果发现ZC3H13位点DNA甲基化有富集，GAPDH位点及使用小鼠IgG抗体组没有富集。显示的数据为样本重复2次实验结果。
图4. DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒可用于富集cfDNA甲基化
样本来源于血清分离管（SST）收集的两健康成人（n <25周岁，n >60周岁）血清样本。使用我们的cfDNA纯化试剂盒（型号：CN25503）对cfDNA进行纯化并用Qubit对其定量。利用DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒（型号：CN55009）处理未经消化的cfDNA（200 ng）并使用5-mC抗体和阴性对照小鼠IgG抗体。洗脱的DNA经纯化后使用实时PCR检测，使用 ZC3H13 PCR引物对。5-mc抗体特异性地富集甲基化DNA，小鼠IgG并不特异富集DNA。本实验中分析的ZC3H13基因座在人类基因组DNA中被甲基化，因此可被扩增和被PCR检测到。
图5. DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒生成的DNA文库实例
使用Swift Biosciences Accel-NGS™ 1S PLUS DNA Library Kit（货号：10024）构建文库，DNA样本来源为DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒处理后经MseI酶切的gDNA和未经酶切的cfDNA。
图6. MeDIP-Seq揭示cfDNA中衰老相关的甲基化差异
样本来源于血清分离管（SST）收集的两健康成人（n <25周岁，n >60周岁）血清样本。使用我们的cfDNA纯化试剂盒（型号：CN25503）对cfDNA进行纯化并用Qubit对其定量。200 ng cfDNA 用于DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒并使用Swift Biosciences Accel-NGS™ 1S PLUS DNA Library Kit（型号：10024）构建高通量测序文库。使用AluI量化确定Input样本文库。对MeDIP样本和Input文库进行测序（Next-Seq500平台38bp PE 测序），并按照我们的MeDIP-Seq标准流程进行处理。使用MACS2算法进行Peaks分析（p-value cutoff =1.00x10-7）。
图7：DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒NGS测序产生结果与CpG密集度正相关性
使用DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒从1ug连接接头的人源PBMC样本富集DNA，后用Illumina测序平台进行NGS测序产生2600万个序列标签。这些标签比对到基因组生成全基因组DNA甲基化图谱。以上图片显示了富集区间（紫色peaks）与CpG密集度(棕褐色)呈现正相关。
图8：DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒检测CpG shores甲基化的NGS测序数据
使用DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒从1ug连接接头的人源PBMC样本富集DNA，后用Illumina测序平台进行NGS测序产生2600万个序列标签。这些标签比对到基因组生成全基因组DNA甲基化图谱。以上图片显示了CpG Shores而非CpG岛本身检测到的DNA甲基化的2个例子。数据与大部分甲基化发生在CpG岛临近区间这一最新研究成果相吻合。DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒具有如下优势和特性：
- 仅富集5-mC甲基化DNA的特异性抗体
- 桥连抗体有助于提高DNA富集效率
- 一步法免疫沉淀反应
- 无需预洗磁珠
- 经过优化的使用磁珠的方案可以减少手动操作时间
- 试剂盒包含人类基因组DNA及PCR引物作为阳性对照验证富集效率
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产品组分
内容 型号
规格 储存温度
DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒
CN55009-01 10次
-20°C DNA甲基化免疫沉淀(MeDIP)试剂盒 CN55009-02 20次
-20°C 操作手册
1 1 常温
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营销中心
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注意事项
保存建议 厂家推荐蓝冰运输。当您收到产品后，按照说明书建议保存于-20°C。 -
FAQ
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“Zac1 regulates astroglial differentiation of neural stem cells through Socs3.” by Schmidt-Edelkraut U. et al. (2013) Stem Cells, doi: 10.1002/stem.1405.
“Activation of BDNF signaling prevents the return of fear in female mice.” by Baker-Andresen D. et al. (2013) Learn Mem, 20(5): 237-240.
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