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5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒基于获得专利的 5hmC-Seal 技术*，旨在检测和捕获含有 5-羟甲基胞嘧啶 （5hmC） 的 DNA 片段，以便通过实时荧光定量 PCR 或 NGS 测序进行分析。通过利用 β-葡萄糖基转移酶，修饰的葡萄糖部分被选择性地转移到双链 DNA 中的 5hmC 残基上。然后使用修饰的葡萄糖以化学方式连接生物素偶联物，以捕获和富集含有 5hmC 的链霉亲和素磁珠片段。所有纯化步骤均使用方便的 SPRI 微珠完成。
5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒包含进行葡萄糖基化和生物素化反应、链霉亲和素捕获、洗脱和纯化含 5hmC 的 DNA 所需的所有试剂。此外，还包括加标对照 DNA 和 PCR 引物，以便验证富集的效率和特异性。
图 1：5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒对富集 5hmC DNA 的流程图。
图2：5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒对富集 5hmC DNA 的特异性。
将 310 ng 超声处理的小鼠脑基因组 DNA 与 31 pg （1：10,000） 阳性对照加标 DNA 加标，并使用 5hmC 分析试剂盒方案一式三份处理。 使用三种人特异性引物组（Agap1、Necap1 和 Ppm1h）以及随附的 5hmC 和 5mC 加标引物组，使用实时 PCR 对洗脱和纯化的 DNA 进行检测。计算 % Input 以确定富集反应的效率和选择性。 Agap1、Necap1 和 Ppm1h 引物可在已知含有 5hmC 的这些相应基因内设置靶标区域。加标 DNA （10 ng/μl） 包含两种不同 dsDNA 片段的等摩尔混合物，其中含有 5-甲基胞嘧啶或 5-羟甲基胞嘧啶。5mC 和 5hmC 加标引物组分别靶向这些 5mC 或 5hmC dsDNA 片段。在进行文库制备和测序之前，可以通过对这些加标靶标进行 qPCR 来确定分析后的富集效率。阴性对照反应对应于不含羟甲基胞嘧啶的区域。
图 3：起始量滴定显示低至 10 ng 起始 gDNA 的峰具有良好的相关性。
使用5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒处理 PIXUL 超声处理的小鼠脑 gDNA，起始量为 2.5 μg、80 ng、40 ng 或 10 ng。从片段创建文库并测序以定位每个样品中的 5hmC。1 号染色体的代表性 22 Mb 选择显示所有输入质量数之间具有良好的相关性。
图 4：测序数据显示与已发布的数据集具有良好的相关性。
使用5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒处理 2.5 μG PIXUL 超声处理的小鼠脑 gDNA。进行文库制备并对文库进行测序。使用的公共 hMe-Seal 数据集来自 Song 等人，Nature Biotech，2011 年。
5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒具有如下优势和特性：
- 高度特异性： 化学标记可确保对 5hmC DNA 进行选择性修饰，而不会与 5mC 发生交叉反应
- 本底低、灵敏度高： 与 hMeDIP 相比，生物素-链霉亲和素捕获可实现更强的结合和更严格的清洗
- 包括 QC 对照： 尖峰对照 DNA 和 PCR 引物可轻松验证 5hmC 富集的效率和特异性。
- 简单快捷： 可在 5 小时内完成
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产品组分
内容 型号
规格 储存温度
5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒 CN55023-01 24次 -20°C 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析试剂盒 CN55023-02 48次 -20°C 操作手册
1 1 常温
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营销中心
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注意事项
保存建议 厂家推荐蓝冰运输。当您收到产品后，按照说明书建议保存于-20°C。 -
FAQ
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* Song, C.X., et al., Nature Biotechnology. 29, 68-72 (2011).
Patent US 8,741,567 B2.
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