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RNA亚细胞分离试剂盒提供了一种高效的方法，可分离细胞核和细胞质RNA，且不会产生交叉污染。该方法可用于分离小至75个核苷酸的RNA序列（例如，核仁小分子RNA、信使核糖核酸和长链非编码RNA）。在任何给定时间，细胞内的RNA分子都处于不同的成熟和加工水平。这种异质性可能会对下游数据分析和解读产生偏差。通过从特定的亚细胞组分中分离RNA，基因表达分析的准确性可得到极大提高。亚细胞分离增强了检测低丰度转录本的能力，并通过减少来自其他内含子或成熟RNA的背景，有助于研究RNA加工动态。此外，亚细胞分离有助于将长链非编码RNA（lncRNA）定位到其作用位点，这可为了解其功能作用提供重要信息。
RNA亚细胞分离试剂盒所含试剂足够从200 - 400万个培养细胞或每反应15毫克组织中进行15次细胞核和15次细胞质纯化。只需裂解样本，然后通过离心分离细胞核和细胞质RNA。将每个RNA组分加载到单独的离心柱上并洗涤以去除任何蛋白质。最后，从柱子上洗脱纯化的RNA并进行定量。该检测方法也可用于分离总RNA。
图1：细胞核和细胞质RNA组分的琼脂糖凝胶。
使用RNA亚细胞分离试剂盒将RNA分离为细胞核和细胞质部分。纯化后，使用DNase I处理试剂盒（Active Motif产品编号25502）对一半的细胞核RNA进行DNase I处理，以去除基因组DNA污染。将各RNA部分的1微克上样到1.5%的凝胶上进行分析。泳道M = 100 bp DNA分子量标准
泳道1 - 2 = 细胞质RNA
泳道3 - 4 = 脱氧核糖核酸酶I处理前的细胞核RNA泳道5 - 6 = 脱氧核糖核酸酶I处理后的细胞核RNA
图2：使用RNA亚细胞分离试剂盒分离的细胞质RNA的TapeStation图谱。
使用RNA亚细胞分离试剂盒从HeLa细胞中分离细胞质RNA。在去除核糖体RNA（rRNA）前后，采用TapeStation分析对回收的RNA进行分析。黄色和绿色曲线代表去除RNA前的两个细胞质样本。两个大峰代表18S和28S rRNA。蓝色去除rRNA后的和红色曲线代表相同样本。18S和28S峰不再存在。纯化RNA的大小范围为75 - 7000个核苷酸。
图3：细胞质和细胞核组分之间小RNA分布频率。使用RNA亚细胞分离试剂盒从HeLa细胞中分离细胞质和细胞核RNA。采用NEBNext®多重小RNA文库制备试剂盒对RNA进行处理，并进行大小筛选以去除大分子RNA。进行75 bp单端测序，并将数据映射到miRBase。每个组分的小RNA（sRNA）分布频率显示了亚细胞分离的特异性。
图4：亚细胞RNA分离以识别RNA定位。使用RNA亚细胞分离试剂盒从HeLa细胞中分离细胞核、细胞质和总RNA。用Active Motif公司的DNA酶I处理试剂盒（目录号25502）对细胞核和总RNA组分进行纯化和DNA酶I处理后，对纯化的RNA进行逆转录和定量聚合酶链反应（qPCR）。每个亚细胞组分以占总RNA的百分比绘制。数据显示了各种RNA的定位。MALAT1、NEAT1和TUG1是长链非编码RNA（lncRNAs）。它们的表达数据与已发表的相同RNA和细胞类型的RNA荧光原位杂交（RNA-FISH）数据一致。如上文所示，核糖体RNA S14和信使RNA BIRC5都预期定位于细胞质内。
图5：RNA测序数据证实了长链非编码RNA的定位。使用RNA亚细胞分离试剂盒从HeLa细胞中分离细胞核、细胞质和总RNA。在二代测序（NGS）文库制备过程中，对RNA进行核糖体RNA去除处理。然后，使用Illumina HiSeq对样本进行测序，每个样本产生100 bp的双端读数，共50 M条读数。NEAT1是一种主要位于细胞核内的长链非编码RNA（lncRNA），而TUG1是一种已知在细胞核和细胞质中均有分布的lncRNA（RT-qPCR数据见图3）。这些数据也与已发表的RNA荧光原位杂交（RNA-FISH）数据和RT-qPCR分析结果一致。
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产品组分
内容 型号 规格 储存温度
RNA亚细胞分离试剂盒
CN25501-01 30次 2-8°C RNA亚细胞分离试剂盒
CN25501-02 60次 2-8°C 操作手册
1 1 常温
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