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RRBS快速文库构建试剂盒
DNA甲基化是通过在胞嘧啶环的5个碳上共价添加一个甲基(CH3)而发生的,形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)。DNA甲基化对调节几乎所有生物过程中的基因表达至关重要,包括发育、生长和分化。DNA甲基化的改变已被证明会导致基因表达的改变。例如,高甲基化导致基因沉默或基因表达减少,而低甲基化则激活基因或增加基因表达。异常的DNA甲基化也与疾病的发病机制有关,如癌症、自身免疫性疾病和精神分裂症。因此,全基因组的DNA甲基化分析可以为发现用于疾病诊断的表观遗传标记和用于治疗的潜在目标提供宝贵的信息。还原亚硫酸氢盐测序(RRBS)是最常用的全基因组DNA甲基化分析方法。它用限制性酶消化富含CpG的DNA片段,并将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶,而5-mC在亚硫酸氢盐处理后仍未被修改。表观遗传学差异被解释为遗传学差异,然后可以通过单碱基分辨率和全基因组范围的测序来检测。然而,由于许多原因,传统的RRBS仍然不实用。(1) 它需要相对大量的DNA作为输入材料,而这些材料很难从有限的生物样本中制备,如肿瘤活检、早期胚胎、胚胎组织和循环DNA。(2)DNA必须先被剪切,然后连接到适配体上,接着进行亚硫酸氢盐转化(结扎后亚硫酸氢盐转化)。这个过程会导致大部分的DNA片段(包含在适配体-DNA片段构建中)被破坏,从而形成单标签模板,在文库富集过程中会被移除。因此,在进行RRBS时,会出现不完全覆盖和偏差。(3)该方法也很耗时,大约需要2天。
RRBS快速文库构建试剂盒包括直接从少量输入DNA产生的亚硫酸氢盐DNA中成功制备文库所需的所有试剂。在这种制备中,适当大小的富含CpG的DNA片段通过MSPI消化和亚硫酸氢盐转化被富集。经过亚硫酸氢盐处理的单链DNA同时被转化为dsDNA,并与适配体连接。接下来,使用MQ结合珠对连接的片段进行大小选择和纯化,然后用高保真PCR混合物进行扩增。该程序确保用最少的起始材料获得最大的产量,并提供高度准确的扩增库DNA,错误率低,偏差小。
起始材料可以是从各种组织/细胞样品中分离出的基因组DNA,如新鲜和冷冻组织、从烧瓶或微孔板中培养的细胞、显微切割样品、FFPE组织、血浆/血清、体液样品等。DNA应该是没有经过任何限制性消化步骤的。质粒DNA可以用于亚硫酸氢盐处理,无论之前有没有线性化,因为该试剂盒允许在整个DNA亚硫酸氢盐转化过程中保持DNA变性状态,并将适配体直接连接到亚硫酸氢盐DNA。DNA的输入量可以是10ng到400ng。为了达到最佳制备效果,输入量应该是200ng。
用RRBS快速文库构建试剂盒。DNA输入量:200ng。制备人Hela DNA文库,片段大小为160 ~ 800bps,峰值大小为390bps
RRBS快速文库构建试剂盒旨在为Illumina平台制备还原代表亚硫酸氢盐测序(RRBS)DNA文库。该试剂盒的优化方案和组件允许亚纳克DNA用于MSP1 DNA消化和亚硫酸氢盐转化,然后在不到4小时内完成非条码(单倍体)或条码(多倍体)文库构建。
RRBS快速文库构建试剂盒,具有如下优势和特点:
- 创新的方法。允许快速制备合适大小的富含CpG的DNA片段并进行亚硫酸氢盐转化。亚硫酸氢盐DNA可以直接连接到适配体上,从而消除了其他RRBS方法经常发生的破坏适配体连接的片段的可能性。
- 快速和精简的程序。从DNA酶消化到可使用的文库DNA的程序可在4小时内完成。
- 完全转化。将未甲基化的胞嘧啶完全转化为尿嘧啶(>99%),甲基胞嘧啶转化为胸腺嘧啶的不适当或错误可忽略不计。
- 高灵敏度和效率。创新的亚硫酸氢盐DNA适配体连接消除了片段损失和选择偏差,使输入的DNA低至10ng,是对珍贵、有限的样本进行甲基化分析的理想选择。该试剂盒可用于非条形码(单倍体)和条形码(多倍体)的DNA文库制备。
- 极为方便。该试剂盒包含了DNA文库制备每一步所需的所有成分,足以满足MSPI消化、亚硫酸氢盐转化、结扎、清理、大小选择和文库扩增的需要,从而使亚硫酸氢盐DNA文库制备得到简化,获得最可靠和一致的结果。
- 极小的偏差。超高通量扩增技术使DNA文库的产量可重复性高,序列偏差最小,错误率低。
- 广泛的样品适用性。起始材料可以是从各种组织/细胞样品中分离出的基因组DNA,如新鲜和冷冻组织、来自烧瓶或微孔板的培养细胞、显微切割样品、石蜡包埋组织、活检、胚胎细胞、血浆/血清样品和体液样品。
产品组分
组分内容 |
型号:A-P-1069-12(12次) |
型号:A-P-1069-24(24次) |
储存温度 |
MSPI(20U/ul)* | 26ul | 52ul | -20°C |
10X Digestion Buffer* | 40ul | 80ul | -20°C |
Modification Buffer | 3ml | 6ml | 室温 |
Modification Powder | 2管 |
4管 |
室温 |
DNA Purification Buffer | 1.5 ml |
3 ml |
室温 |
Desulphonation Solution* | 50ul | 100ul | 室温 |
Elution Solution | 0.5ml | 1ml | 室温 |
F-Spin Column | 15 | 30 | 室温 |
F-Spin Collection Tube | 15 | 30 | 室温 |
5X Reaction Buffer* | 100ul | 200ul | -20°C |
Reaction Enzyme Mix* | 50ul | 100ul | -20°C |
3'-Adaptor(10uM)* | 28ul | 56ul | -20°C |
5'-Adaptor(10uM)* | 28ul | 56ul | -20°C |
MQ Binding Beads | 1.8ml | 3.6ml | 4°C |
2X HiFi PCR Master Mix* | 160ul | 320ul | -20°C |
Primer U(10uM)* | 15 ul |
30 ul |
-20°C |
Primer I(10uM)* | 15 ul |
30 ul |
-20°C |
Elution Buffer | 1 ml | 2 ml | -20°C |
说明书 |
1份 | 1份 |
室温 |
文件资源
文件下载 | 文件内容 | 资源说明 |
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A-P-1069-RRBS快速文库构建试剂盒 | 操作手册 |
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A-P-1069-RRBS快速文库构建试剂盒相关说明 | 宣传单页 |
注意事项
保存建议 | 厂家推荐常温运输。当您收到产品后,按照说明书建议保存。 |
警告 | 一般仅供科研使用,请勿用于临床与诊断。不要将漂白剂或酸性溶液直接添加到样品制备的废物中。 |
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