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通过识别开放/封闭染色质和绘制沿基因组的核小体定位图来确定染色质可及性，与表观遗传基因调控和染色质状态及结构直接相关。目前有几种方法可用于检测染色质可及性。传统的方法是使用 DNase I（DNase-seq）或微球核酸酶（MNase-seq）作为评估染色质可及性的工具。然而，这些方法可能存在一些缺点，限制了它们的广泛应用。它们需要大量的起始材料，而且由于酶浓度和消化时间的调节难题，容易出现检测偏差。此外，这些方法需要使用分离的染色质，可能无法保留细胞内的原生染色质结构和调控元件的空间组织，从而可能破坏重要的染色质相互作用并改变可及性模式。利用新一代测序技术（ATAC-seq）检测转座酶可及染色质是一种先进的方法，可替代MNase-seq和DNase-seq。在ATAC-seq中，直接使用完整的细胞核，用超活性突变体Tn5转座酶探查开放染色质，将测序适配器插入原位开放染色质区域，从而确定可访问的DNA区域。与 DNase-seq 或 MNase-seq 相比，这种方法在表观基因组分析中速度更快、灵敏度更高，而且只需要更少的时间。
本试剂盒包含通过 NGS 对细胞/组织样本的染色质可及性进行全基因组分析所需的全部试剂。在这项检测中，细胞在透化后直接暴露于独特的核酸裂解酶混合物中。染色质被破碎，目标染色质两端的 DNA 序列被裂解/移除。同时，蛋白质/组蛋白占据的 DNA 序列不受影响。适配体被连接到与蛋白质/组蛋白结合的 DNA 片段上。然后，连接的 DNA 被释放、纯化，并用高保真 PCR 混合液扩增，以构建 DNA 文库。
原位可及染色质测序(ISAC-seq)试剂盒是一套完整的优化试剂，设计用于通过新一代测序对生物样本的染色质可及性进行全基因组分析，包括开放/封闭染色质图谱分析和核糖体/转录因子定位。
原位可及染色质测序(ISAC-seq)试剂盒具有如下优势和特性：
- 极快的三步方案： 完成整个过程（从细胞样本到可测序的文库 DNA）仅需 1 小时 35 分钟，比 ATAC-seq（4 小时）快得多。可在原位进行检测，从而保留染色质结构，将核损伤降至最低。
- 用途广泛： 与DNAse-seq/MNase-seq不同，即使在恶劣的环境中，也能使用少量新鲜/冷冻细胞。
- 无转座酶偏倚：无序列特异性裂解，最大程度地减少了片段偏倚以及与 GC 或 AT 含量相关的偏倚。
- 可访问染色质位点覆盖率更高： 与序列无关的结合使研究人员能获得更高的染色质可及位点覆盖率，而 ATAC-seq 则不同，由于序列特异性结合，染色质可及位点覆盖率较低。
- 全面的试剂盒： 包括每个步骤所需的所有组件，确保 EpiNext™ 原位可及染色质测序（ISAC-seq）试剂盒的便利性和成本效益。
- 无需特殊软件： 使用现有的、经过时间考验的 ChIP-seq 生物信息学管道进行 NGS 数据分析（由于没有转座酶偏倚，因此不需要特殊的 ATAC-seq 设置）。
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产品组分
可近染色质制备
文库制备组分内容
型号：A-P-1073-01(12次)
型号：A-P-1073-02(24次) 型号：A-P-1073-03(48次) 储存温度
PB(Permeabilization Buffer)
2 ml
4 ml
8 ml
室温 PIC(Protease Inhibitor Cocktail)*
15 ul 30 ul 60 ul 4°C NDE(Nuclear Digestion Enhancer) *
150 ul
300 ul
600 ul
室温 CEM(Cleavage Enzyme Mix)*
30 ul
60 ul
120 ul
-20°C CSS(Cleavage Stop Solution)*
15 ul 30 ul 60 ul 室温 Proteinase K(10mg/ml)*
50 ul 100 ul 200 ul -20°C PDB(Protein Digestion Buffer)
3 ml 5 ml 10 ml 室温 DPS(DNA Purification Solution)*
300 ul 600 ul 1200 ul 室温 DNA Binding Beads* 30 ul 60 ul 120 ul 4°C Elution Buffer
1 ml
2 ml
4 ml
室温 组分内容
型号：A-P-1073-01(12次)
型号：A-P-1073-02(24次) 型号：A-P-1073-03(48次) 储存温度
10X Q-End Polishing Buffer)*
30 ul 60 ul 120 ul -20°C Q-End Polishing Enzyme Mix*
13 ul 26 ul 52 ul -20°C 2X Ligation Buffer *
250 ul
500 ul
1000 ul
-20°C T4 DNA Ligase*
13 ul
26 ul
52 ul
-20°C Adaptors(50uM)*
15 ul 30 ul 60 ul -20°C MQ Binding Beads*
2 ml 4 ml 8 ml 4°C 2X HiFi PCR Master Mix*
160 ul 320 ul 640 ul -20°C Universal Primer*
15 ul 30 ul 60 ul -20°C Index Primer1* 15 ul 60 ul 120 ul -20°C 操作手册
1
1 1 室温
*注意：在使用各溶液之前，将溶液离心至管底。
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注意事项
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