单细胞3C试剂盒

单细胞3C试剂盒，Arima 3C for Single Cell Kit，以单细胞分辨率解析染色质结构。更多视频请关注视频号【艾维缔】。哔哩哔哩【IVDSHOW】。抖音【军哥聊表观】。

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单细胞3C试剂盒

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染色质修饰检测

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CN53235

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单细胞三维基因组学揭示了体Hi-C技术平均掉的染色质结构中细胞间的异质性。单细胞Arima染色质构象捕获试剂盒提供了基于平板的邻近连接化学方法，旨在适配已发表的单细胞3C技术——包括单核三维染色质构象捕获测序（李等人，《自然-方法学》2019年）和三维染色质构象捕获（谭等人，《细胞》2019年）——以及体3C测序流程。

该试剂盒采用基于交联、限制性内切酶消化和邻近连接核心染色质构象捕获步骤的 Arima 邻近连接工作流。该工作流可接受每个反应中含约 250 纳克至 2.5 微克 DNA 的交联细胞或细胞核。

邻近连接反应完成后，所得材料可用于批量3C-seq文库制备，也可作为兼容的单细胞应用的输入材料，例如单细胞甲基化3C（methyl-3C）或Dip-C技术。对于单细胞实验流程，研究人员需遵循已发表的实验方案，完成细胞核染色、单细胞核分选至多孔板以及后续的单细胞文库构建步骤。

由于该产品将 Arima 经验证的 3C 化学技术整合于适配微孔板的灵活形式中，Arima 3C 试剂盒最适合用于构建定制化单细胞流程的先进三维基因组学实验室。

用于单细胞的 Arima 3C 试剂盒是一种可捕获基因组序列和结构（三维构象）的实验流程。如上方的 Arima 3C 流程示意图所示，研究人员使用含两种限制性内切酶的混合物对客户提供的交联细胞中的交联染色质进行酶切。随后，将空间上邻近的 DNA 酶切末端进行连接。这种近端连接的 DNA 可作为输入样本，应用于sn-m3C-seq、Dip-C或液滴 Hi-C 实验方案中。

图1. 阿尔茨海默病患者大脑中的细胞类型鉴定与染色体表观基因组侵蚀

（左图）死后内嗅皮层单细胞核多组学数据的t-SNE投影，每个点代表一个独立的细胞核，颜色由其分配的细胞类型簇决定（例如，兴奋性神经元亚型、抑制性神经元亚型、星形胶质细胞（ASC）、少突胶质细胞（ODC）、少突胶质前体细胞（OPC）、小胶质细胞（MGC）及其他细胞类型）。聚类分析基于通过单细胞核甲基化3C测序（sn-m3C-seq）获得的甲基化数据完成。

（右图）染色体表观基因组侵蚀出现在多种细胞类型中。以5号染色体为例，展示了阿尔茨海默病（AD，上图）和对照组（CTRL，下图）样本中兴奋性神经元（Ex）、抑制性神经元（Inh）、星形胶质细胞（ASC）和少突胶质细胞（ODC）的染色质接触图谱。对角线上的深色区域代表更强的局部染色质接触，而与对照组相比，阿尔茨海默病样本中整体对比度的下降和弥散信号的增强，反映了染色质结构域全基因组范围的侵蚀。这一模式在各细胞类型中均一致出现，表明染色体表观基因组侵蚀是阿尔茨海默病病理的共同特征，而非局限于单一细胞谱系。

Resource: Wang, B.-A., et al. (2023). Epigenome erosion in Alzheimer's disease brain cells and induced neurons. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2023.10.15.562394

图2. Tle4基因位点展示了五层分子数据如何共同作用以开启或关闭一个基因。

以Tle4基因为例，这张图展示了DNA甲基化和3D基因组折叠如何与RNA表达及染色质可及性数据相契合。周围的四张t-SNE图通过各类信号为单个脑细胞上色，揭示出基因活跃区域（RNA和染色质可及性水平高）的DNA甲基化水平往往较低，反之亦然，这种模式被称为负相关，因为甲基化通常会使基因沉默。中央的两张三角形热图是3D染色质接触图谱，显示出在基因开启的神经元（“L6 CT CTX 谷氨酸能神经元”）与基因关闭的神经元（“Pvalb γ-氨基丁酸能神经元”）中，Tle4基因附近的DNA折叠方式存在差异，这指向了一种可能帮助调控基因活性的物理环状结构。下方的基因组浏览器轨迹将这一规律转化为了线性基因图谱，放大的面板则突出了基因上游一个多种数据类型均指向同一候选调控元件的区域。总体而言，该图阐明了在同一细胞中整合这些不同分子信号，如何精准揭示基因在一种细胞类型中被激活、而在另一种细胞类型中保持沉默的机制。

Resource: Liu, H., et al. (2023). Single-cell DNA methylome and 3D multi-omic atlas of the adult mouse brain. Nature, 624(7991), 366–377. https://doi.org/10.1038/s41586-023-06805-y

单细胞3C试剂盒具有如下优势和特性：
- 适配已发表的单细胞方法。提供针对单细胞核甲基化-3C测序（sn-m3C-seq）和Dip-C的直接交联指导，参考方案见用户指南。
- 内置消化质量控制与连接质量控制在实验流程中途收集的等分试样可让你在进行测序前，通过凝胶电泳直接评估限制性酶切效率和邻近连接效率。
- 与 Arima-HiC+ 共用反应体系 采用熟悉的双酶混合物。
- 8反应体系：适用于方法开发、预实验和小样本队列研究。
关键词:
- 单细胞3C试剂盒

产品组分

内容	型号	规格	储存温度
单细胞3C试剂盒	CN53235-01	8次	-20°C
单细胞3C试剂盒	CN53235-02	16次	-20°C
操作手册	1	1	常温

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Lee D.-S. et al. Simultaneous profiling of 3D genome structure and DNA methylation in single human cells. Nature Methods 16, 999–1006 (2019). https://doi.org/10.1038/s41592-019-0547-z (sn-m3C-seq)

Tan L. et al. Three-dimensional genome structures of single diploid human cells. Science 361, 924–928 (2018). https://doi.org/10.1126/science.aat5641 (Dip-C)

Tan (2021). Determining the 3D genome structure of a single mammalian cell with Dip-C.STAR Protocols, Volume 2, Issue 3, 17 September 2021, 100622

Lee DS, et al (2019). Simultaneous profiling of 3D genome structure and DNA methylation in single human cells. Nat Methods. 2019 Oct;16(10):999-1006.

Heffel MG, et al (2022). Epigenomic and chromosomal architectural reconfiguration in developinghumanfrontalcortexandhippocampus.BioRxiv08Oct2022.