高覆盖度HiC试剂盒

高覆盖度HiC试剂盒，Arima High Coverage HiC Kit ，均一覆盖度助力高质量组装。更多视频请关注视频号【艾维缔】。哔哩哔哩【IVDSHOW】。抖音【军哥聊表观】。

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高覆盖度HiC试剂盒

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染色质修饰检测

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53231

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Arima 高覆盖度 Hi-C 试剂盒对 Arima 的邻近连接化学技术进行了升级，采用四酶限制性酶切组合，相比双酶 Hi-C 技术能覆盖基因组中更大比例的区域。其更均匀的覆盖度使该试剂盒成为**分相从头组装**的首选 Hi-C 输入材料。

与 Arima-HiC+ 类似，高覆盖度 HiC 流程可在单次实验中同时捕获基因组的序列信息与三维构象。Arima-HiC+ 专为全基因组三维结构（区室、拓扑关联结构域、环状结构）优化，而当你的研究项目依赖于单碱基覆盖度的均一性时，Arima 高覆盖度 HiC 是优选方案，例如在对重叠群进行排序和定向、纠正错误组装、识别结构变异以及单倍型分型等场景中。

Arima 高覆盖度Hi-C是一种用于捕获基因组序列和结构（三维构象）的实验流程。如上方Arima高覆盖度Hi-C流程示意图所示，首先对样本来源（组织、细胞系或血液）的染色质进行交联，以保留基因组序列和结构。随后，使用针对多种基因组序列组成的覆盖度均匀性进行优化的4种限制性内切酶（RE）混合物对交联染色质进行酶切。接着填补5'端突出末端，使酶切末端被生物素化核苷酸标记。接下来，对空间上邻近的DNA酶切末端进行连接，捕获基因组的序列和结构。随后对连接后的DNA进行纯化，得到纯净的近端连接DNA。使用IVDSHOW公司的EpiBox超声仪对近端连接DNA进行片段化，再利用链霉亲和素磁珠富集生物素化片段。最后，采用定制化的文库制备方案，结合Arima文库制备模块（货号53243，索引1-16；货号53244，索引17-32）制备用于测序的Arima-HiC文库。

图1.具有高覆盖率Hi-C数据的脚手架前后Hi-C接触图。

左：重叠群的Hi-C映射。Hi-C读取对被映射到无序的输入重叠群上，沿着两个轴以任意顺序连接。在整个地图中可以看到高密度的非对角线接触。这些代表了实际上在同一染色体上相邻或附近的重叠群之间的真正3D染色质接触，但在组装中尚未正确排序和定向。散射信号反映了脚手架之前输入重叠群集的碎片状态

右图：使用高覆盖率Hi-C数据的脚手架组件。在具有高深度Hi-C读取对的脚手架之后，接触信号沿对角线分解成离散的块，每个块对应于单个染色体。接触密度在对角线附近最高，并随着基因组距离衰减，与Hi-C的物理原理一致：在细胞核中更靠近的染色质位点比远端位点更频繁地通过邻近连接捕获。远程读取对提供了有价值的连锁信息，用于区分真正的连续邻接与背景噪音，支持重复或结构复杂区域的准确连续排序和方向。干净的块对角线结构，具有最小的对角线外噪声，表明高覆盖率Hi-C数据能够实现准确的染色体尺度脚手架，解决连续水平图中存在的歧义。

高覆盖度HiC试剂盒具有如下优势和特性：
- 用于均一的单碱基覆盖度的四酶化学方法。可获取在双酶 Hi-C 中覆盖度不足的 AT 富集区、GC 富集区以及重复区域。
- 专为分阶段从头组装设计。专为使用 hifiasm 和 DipAsm 流程的分阶段从头组装设计。支持基于 PacBio 长读长测序（HiFi）reads 结合基于 Hi-C 的定相技术，实现单倍型解析的二倍体组装（Cheng 等人，《自然-方法学》2021；Garg 等人，《自然-生物技术》2020）
- 与 Arima-HiC+ 相同的 6 小时邻近连接流程和质量控制框架，让现有 Arima 用户拥有熟悉的使用体验。
- 广泛的样本兼容性。细胞系、新鲜冷冻动物组织、植物组织、外周血单个核细胞、冷冻保存细胞、全有核血。
- 完整的下游分析流程。可与 Arima 作图分析流程兼容，并广泛应用于各类下游分析流程，包括用于基于 Hi-C 技术的基因组支架构建的 YaHS、SALSA2 和 3D-DNA；用于结合长读长测序数据与 Hi-C 数据进行从头组装、单倍型解析基因组组装的 hifiasm 和 DipAsm；以及用于 Hi-C 数据处理、接触图谱生成、可视化和三维基因组分析的 Juicer、HiC-Pro 和 Juicebox。
- 8种和48种反应格式，可同时支持单样本项目和联盟级项目。
关键词:
- 高覆盖度HiC试剂盒

产品组分

内容	型号	规格	储存温度
高覆盖度HiC试剂盒	53231-01	8次	-20°C
高覆盖度HiC试剂盒	53231-02	48次	-20°C
操作手册	1	1	常温

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FAQ
Cheng, H., et al. (2021). Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm. Nature Methods, 18(2), 170–175. https://doi.org/10.1038/s41592-020-01056-5

Garg, S., et al. (2021). Chromosome-scale, haplotype-resolved assembly of human genomes. Nature Biotechnology, 39, 309–312. https://doi.org/10.1038/s41587-020-0711-0

Rhie, A., et al. (2021). Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species. Nature, 592, 737–746. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03451-0

Dixon, J. R., et al. (2018). Integrative detection and analysis of structural variation in cancer genomes. Nature Genetics, 50, 1388–1398. https://doi.org/10.1038/s41588-018-0195-8

Ghurye, J., et al. (2017). Scaffolding of long read assemblies using long range contact information. BMC Genomics, 18, 527. https://doi.org/10.1186/s12864-017-3879-z