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m6A RNA甲基化文库构建试剂盒(测序版)【MeRIP测序试剂盒】
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p-9016-04

m6A RNA甲基化文库构建试剂盒(测序版)【MeRIP测序试剂盒】

基于CUT&RUN技术开发。非常适合从广泛的物种比如从哺乳类动物,植物,真菌和细菌,不仅如此,还包括培养细胞与新鲜和 冷冻的组织等感兴趣的样本中提取总RNA来富集片段化的含有m6A的RNA。整个实验时间不到6小时。手动操作不到1小时。 更多视频请关注视频号【艾维缔】。哔哩哔哩【IVDSHOW】。抖音【军哥聊表观】。
p-9016-04
产品描述
产品组分
文件资源
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注意事项
FAQ
文献追踪

众所周知,N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物RNA分子中最常见和最丰富的修饰。 由甲基转移酶复合物METTL3催化m6A修饰,并通过 M6A RNA去甲基化酶FTO和ALKBH5,以α-酮戊二酸(α-KG)-和Fe2+-依赖的方式催化M6A去甲基化。 METTL3、FTO和ALKBH5在许多生物中起着重要作用,从发育和代谢到生育的过程。 在所有RNA碱基甲基化中,m6A占80%以上,存在于各种物种中。 m6A主要分布在mRNA中同样也发生在非编码RNA中,如tRNA、rRNA和snRNA。 在mRNA转录物中m6A的相对丰度已被证明影响RNA代谢过程,如剪接,核输出,  翻译能力和稳定性,以及RNA转录。 由m6A RNA甲基酶和脱甲基酶缺陷引起的m6A甲基化水平异常可能导致RNA功能障碍并引起疾病。例如,由于FTO突变患者的FTO活性增加,靶m RNA中m6A的异常低水平,通过一种未定义的途径,导致肥胖和相关疾病的发生。 对RNA的化学M6A修饰的动态性和可逆性,也可作为一种具有深远生物学意义的新表观遗传标记。因此,更多有用的信息,以更好地理解m6A RNA甲基氧化 RNA 转录物的水平和分布有利于疾病的诊断和治疗。

目前,有几种方法被用于表位范围的m6A映射。 这些方法包括MeRIP,PA-m6A-seq,miCLIP和m6A-CLIP。 MeRIP已被广泛应用,但在m6A分析中无法实现高分辨率。 PA-m6A-seq、mi CLIP和m6A-CLIP提高了分析分辨率,但由于重复性差和工艺复杂。特别是,这些方法耗时(>2天)和费用昂贵。 为了解决这些问题,A&D Technology Corporation联合开发了一种新的方法:CUT&RUN M6A RNA-测序( (利用核酸酶对m6A测序进行裂解和回收))。我们的创新方法将Me RIP和m6A-CLIP的优点与最快的程序结合起来特别的推出了:m6A RNA甲基化文库构建试剂盒(测序版)。

m6A RNA甲基化文库构建试剂盒(测序版)简称:MeRIP测序试剂盒 具有以下优势和特点:

  • 高度富集:使用RNA 切割酶混合物同时对含有m6A 的目标序列两端的RNA 进行片段化和切割/移除任何RNA 序列,而不影响被抗体占据的RNA 区域。短片段RNA 仅与抗m6A 抗体结合。因此,非常可靠地确定真正的m6A 富集目标区域,并可实现高分辨率绘图。
  • 低输入:不结合的RNA 切割和免疫捕获是在同一个单管中处理的,这样可最大限度地保护含有m6A的目标区域,并最小化样本损失,允许输入RNA 低至500ng。
  • 极小背景:在含m6A 目标序列的两(2)端切割非结合RNA 序列,可最小化MeRIP/测序背景,允许1000万读的数据分析。
  • 超快速、精简程序: 从RNA 到cDNA 文库的过程小于6 小时,动手时间<1 小时。
  • 超级方便: 本试剂盒包含了每一步所需的所有组件,这足以捕获含m6A 的RNA 序列,从而允许以一种很方便的方法来富集,结果可靠一致。    

产品组分

针对m6A捕获反应

内容

型号:A-P-9016-12 (12)

型号:A-P-9016-2424次)

保存条件

WB (Wash Buffer)

12 ml

30 ml

4°C

C(Capture Buffer)

2 ml

4 ml

常温

NDE (Nuclear Digestion Enhancer)

150 ul

300 ul

常温

CEM (Cleavage Enzyme Mix)*

30 ul

60 ul

–20°C

m6A Antibody (1mg/ml)*

25 ul

50 ul

–20°C

Non-Immune IgG(1mg/ml)*

10 ul 20 ul

4°C

PDB(Protein Digestion Buffer)*

2.5 ml

5 ml

常温

Proteinase K (10mg/ml)*

50 ul

100 ul

4°C

Affinity Beads*

50 ul

100 ul

4°C

RPS(RNA Purification Solution)

300 ul

600 ul

常温

RNA Binding Beads*

30 ul

60 ul

4°C

Elution Buffer

1 ml 2 ml

常温

针对文库构建

内容

型号:A-P-9016-12 (12)

型号:A-P-9016-2424次)

保存条件

5X Reaction Buffer*

100 ul

200 ul

–20°C

RT Enzyme*

2 ml

4 ml

–20°C

Adaptor-A(10uM)*

28 ul

56 ul

–20°C

Reaction Enzyme Mix*

25 ul

50 ul

–20°C

Adaptor-B(10uM)*

28 ul

56 ul

–20°C

MQ Binding Beads*

1.8 ml 3.6 ml

4°C

2X HiFi PCR Master Mix*

160 ul

320 ul

–20°C

Primer U(10uM)*

15 ul

30 ul

–20°C

Primer I(10uM)*

15 ul

30 ul

–20°C

使用手册

1

1

常温

  *在开盖使用之前,为了最大程度的利用产品,需将溶液离心至管底。   

营销中心

注意事项

保存建议 推荐蓝冰或冰袋运输。当您收到产品后,请严格按照说明书建议保存各产品组分。

 

 

FAQ

Q:如何判定富集下来m6A的效率呢?

A:如果要判断m6A富集效率,我们建议做荧光定量分析,而不是做PCR,因为富集下来的其实也是RNA。

Q:富集下来的m6A 片段大概在多少呢?引物设计大概在多么大片 段合适呢?

 A:如果做qPCR,其实也是做RT-qPCR,先要逆转录为cDNA,富集下来的RNA片段长度为50-200nts,建议qPCR引物的扩增长度为70-150bps,qPCR的Ct值取决于RNA的富集程度以及逆转录效果,一般来说,用这个试剂盒来富集5ug小鼠脑RNA样本的话Ct值为30-32,阴性对照【Non-immune IgG】的Ct值>35。

Q:能否提供阳性对照的序列?

A:阳性对照的Positive control oligo因为版权原因,是保密的,暂不予提供。

Q:试剂盒提供的阳性对照能做几次?

A:同步实验够2次使用,每次3ul用量。

Q:关于操作手册中1d-1e中间划线部分的说明?

A:这一步是用来做Input对照的,用来确定富集效率,没有与抗体一起孵育,不用做1a-d,直接酶解。然后进入2d,这个input组加的RPS为25ul。

Q:关于组分m6A-Positive Control 说明?

A:它不包含引物,是一种合成的寡核苷酸,没有种属特异性。

Q:在提纯总RNA过程中,是否需要消化DNA?

A:为了尽可能减少DNA中m6A的干扰得到较好的实验结果,我们建议您纯化总RNA时,尽可能采用DNase I【类似的有去除DNA功能的试剂盒如:SpinSHOW 柱上消化试剂盒】对于DNA进行消化处理。

Q:如您采用的是mRNA标本是否可以采用这个盒子呢?

A:本试剂盒的输入样本是提取的RNA,可从任何物种和各种来源(如培养细胞、新鲜/冷冻组织、石蜡包埋组织、血液、体液样本等)中分离出来。纯化的、完整的mRNA也可以作为这个试剂盒的输入材料。RNA应该在无RNase的水或合适的缓冲液(例如,TE)中,并且应该是高质量和相对无DNA的。

Shiraishi C et. al. (April 2023). RPL3L-containing ribosomes determine translation elongation dynamics required for cardiac function. Nat Commun. 14(1):2131.

Shabani D et. al. (April 2022). Profiling m6A RNA Modifications in Low Amounts of Plant Cells Using Maize Meiocytes. Methods Mol Biol. 2484:313-331.

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 北京中农鑫伟农业工程技术有限公司
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