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TIP-ChIP（片段化、索引化和 pooling 染色质免疫沉淀测序）是一种高效且经济的方法，可在单个反应中对多达96个样本进行ChIP-Seq，与传统的染色质免疫沉淀相比，其输入量更低，变异性更小。TIP-ChIP是一种高分辨率的两步染色质免疫沉淀（ChIP）表观遗传技术，旨在精确绘制单个样本中全基因组范围内的蛋白质- DNA相互作用，这些样本经过索引和 pooling 处理，可实现每个样本30万至100万个细胞的高通量ChIP。
染色质免疫沉淀片段化索引库(TIP-ChIP)检测试剂盒通过无偏倚的片段化方法结合免疫沉淀下拉技术，实现了高效简化的高通量ChIP-Seq。
TIP-ChIP工作流程始于无偏倚的转座酶介导的片段化。通过使用Tn5转座酶，可同时完成索引和片段化标记。传统ATAC-Seq方法中的Tn5倾向于作用于开放染色质区域，而在TIP-ChIP中，对这些步骤的修改实现了无偏倚的片段化标记。
TIP-ChIP混合样本可使用探针超声仪或PIXUL超声仪进行超声处理。声处理能从片段化过程中释放更多片段，从而产生比未进行超声处理（红色浏览器轨迹）更多的峰。三个独立的TIP-ChIP混合样本使用PIXUL多样本超声仪分别超声处理30秒、2分钟和30分钟（紫色轨迹），一个TIP-ChIP混合样本使用传统探针超声仪进行超声处理（铜色轨迹）。使用PIXUL多样本超声仪或传统探针超声仪进行的超声处理均与TIP-ChIP兼容。
TIP-ChIP检测试剂盒包含H3K27ac、H3K4me3和RNA聚合酶II磷酸化Ser2抗体，用于分析组蛋白修饰和转录激活情况。这三种抗体共同作用，能清晰呈现活跃的基因调控和转录动态。根据实验问题和样本量，可将可拆卸的96孔板设置为每种抗体使用24个孔，或采用其他组合方式，以优化针对其他目标的抗体，如上图所示。
这种方法在同一实验中对多个样本进行染色质免疫沉淀（ChIP）时特别有用。由于TIP-ChIP中的样本是按目标进行合并的，因此步骤更少——每个目标只需一次免疫沉淀（IP），而传统ChIP中则是每个样本都要进行免疫沉淀（IP）。
ChIP-Seq是一种成熟的技术，用于在全基因组范围内绘制蛋白质- DNA相互作用和组蛋白修饰图谱；然而，ChIP-Seq存在一些局限性，包括需要100万至1000万个细胞的大量样本输入、耗时且繁琐的实验流程、复杂的样本染色质制备、每次反应仅能处理一个样本以及批次效应。
TIP-ChIP通过将样本合并到每个免疫沉淀（IP）的一个反应中，克服了许多此类限制。通过合并样本，每个样本只需30万个至100万个细胞，且一次IP只需合并8个样本。此外，TIP-ChIP不依赖传统的染色质制备，而是利用Tn5转座酶为每个样本加入独特的条形码。这简化了检测流程，提高了数据质量，并消除了批次效应。
我们专注于生产高质量的组蛋白、组蛋白修饰、染色质蛋白及其他因子的抗体，其中包括我们在内部通过实验验证、适用于 TIP-ChIP 检测的越来越多的抗体。TIP-ChIP 适用于许多可用于 ChIP-Seq 的抗体，但并非所有经过 ChIP 验证的抗体都能很好地用于 TIP-ChIP，因此为该应用选择经过验证的抗体非常重要。
染色质谱分析方法比较
Method Processing time for up to 96 samples with analysis Sample Input Multiplexing capabilities Variability Library preparation type Compatible targets Sequencing depth required TIP-ChIP 1-2 weeks 300k – 1M Sample multiplexing achieved by barcoding samples through tagmentation Decreased technical variability due to pooling into one ChIP and no individual library preparation reactions Integrated, uses tagmentation Wide range of histone modifications and transcription factors 20-30M ChIP-Seq 2 months 1-10M No Long and complex protocol leads to technical variation across samples, large cohorts need to be batched, individual library preparation reactions required Not integrated, separate library prep required Wide range of histone modifications and transcription factors 20-50M CUT&RUN 1 month 500k No Simplified protocol enables greater sample processing compared to ChIP-Seq but each sample is a single reaction increasing variability compared to TIP-ChIP. Individual library preparation reactions required Not integrated, separate library prep required Wide range of histone modifications and transcription factors 8M CUT&Tag 1 month 5-500k No Simplified protocol enables greater sample processing compared to ChIP-Seq but each sample is a single reaction increasing variability compared to TIP-ChIP/td> Integrated, uses tagmentation Histone modifications 2M 染色质免疫沉淀片段化索引库(TIP-ChIP)检测试剂盒具有如下优势和特性：
- 同时绘制多个样本中的组蛋白修饰图谱
- 染色质以无偏倚的方式进行片段化
- 使用带条形码的输入进行内置标准化
- 适用于低细胞量（150,000至300,000个）输入
- 与ChIP-seq相比，实际操作时间大幅减少
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产品组分
内容 型号
规格 储存温度
染色质免疫沉淀片段化索引库(TIP-ChIP)检测试剂盒
CN53211-01 96次
-20°C 染色质免疫沉淀片段化索引库(TIP-ChIP)检测试剂盒
CN53211-02 192次
-20°C 操作手册
1 1 常温
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营销中心
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注意事项
保存建议 厂家推荐蓝冰运输。当您收到产品后，按照说明书建议保存于-20°C。 -
FAQ
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Product Citations
Harman, R.M., Sipka, A., Oxford, K.A., et al. The mammosphere-
derived epithelial cell secretome modulates neutrophil functions in the bovine model. Front. Immunol. 15, 1367432 (2024).
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