靶下切割和释放(CUT&RUN)文库制备试剂盒(引物1)

靶下切割和释放(CUT&RUN)文库制备试剂盒(引物1)，CUTANA CUT&RUN 文库制备试剂盒，适用于高灵敏度的 CUT&RUN 应用，包括低细胞投入量的相关实验。更多视频请关注视频号【艾维缔】。哔哩哔哩【IVDSHOW】。抖音【军哥聊表观】。

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染色质修饰检测

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CN141001

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靶下切割和释放(CUT&RUN)文库制备试剂盒(引物1)	CN141001-01	48次(含引物1)	-20°C
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接头二聚体是由测序接头自连产生的，因其片段尺寸小，在 PCR 中会被优先扩增。接头二聚体污染会在约 150 bp处形成一个特征峰（见下图），主要成因包括：起始 DNA 量过低、接头连接效率不佳，以及 / 或者文库纯化时使用了过量磁珠。

在生物分析仪（Bioanalyzer）或 TapeStation 检测图谱中，接头二聚体的占比应不超过200–700 bp区间总片段产量的 5%（即图谱中的积分百分比＜5%）。

为减少接头二聚体，配制连接反应时需将接头连接相关试剂置于冰上。若文库中接头二聚体占比＞5%，应按照本公司 DNA 纯化磁珠（CN21-1407）应用说明中给出的磁珠/DNA 比例进行去除。

图 1. CUT&RUN H3K27me3 文库的 TapeStation 典型检测图谱，包含接头二聚体峰（~150 bp，红色箭头）与预期的文库主峰（~300 bp，蓝色箭头）。红色标线标注200–700 bp区间，该区间用于计算文库浓度。

低浓度文库测序的注意事项

本文同样适用于甲基化 CUT&RUN（meCUT&RUN）实验。

在部分实验中，文库产量偏低是难以避免的（例如对低丰度靶标进行定位、和 / 或使用的细胞数量较少）。针对低浓度文库，可参考以下方案：
1. 重新构建文库使用更多的 CUT&RUN 富集 DNA 作为起始模板，和 / 或增加标签 PCR 的循环数，以提升测序所需的文库产量。注意：增加 PCR 循环数可能导致重复读长比例升高，需要提高测序深度以保证序列多样性。
2. 浓缩文库后测序若无法重新建库，可使用 ** 真空浓缩仪（Speedvac）** 提高文库浓度，并在测序混合样本中加入尽可能多的文库。建议提高测序深度，以保证低浓度文库获得足够的有效数据量。
两种情况均强烈建议提高测序深度。

CUT&RUN 与 CUT&Tag 测序数据分析

CUT&RUN 和 CUT&Tag 的数据分析方式与染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）数据集分析方法相近，但存在几处核心区别。针对 CUT&RUN 与 CUT&Tag 数据分析简要说明如下：

借助 Bowtie2 [1] 将原始测序读段比对至参考基因组。可使用整合基因组可视化工具（IGV）[2] 以及 deepTools2 [3] 完成富集信号可视化工作，例如在基因组浏览器中绘制 bigWig 格式文件图谱。

在富集峰识别工作中，埃皮赛弗公司常选用 MACS2 [4] 和 SICER [5] 两款原本应用于 ChIP-seq 分析的软件，这两款软件也十分适配 CUT&RUN 数据分析 [6]。可对 SICER 参数进行调整，分别用于分析尖锐型富集峰（如组蛋白修饰 H3K4me3）和大范围富集区域（如组蛋白修饰 H3K27me3）[7]。除此之外还有其他分析工具可选，其中 SEACR [8] 是专为 CUT&RUN 数据研发的富集峰识别工具；CUT&RUNTools 2.0 分析流程则适配 CUT&RUN 与 CUT&Tag 两类数据，还可用于单细胞层面相关数据分析 [9]。建议使用者尝试多款分析软件，挑选能够精准呈现研究目标分子特征的工具。

为区分有效信号与背景噪音，埃皮赛弗公司利用 bedTools 软件计算峰内读段占比（FRiP），并对比实验组样本与对照组样本的峰内读段占比数值 [10]。还可运用其他工具开展差异分析与热图绘制工作，例如 DESeq2 [11]、deepTools2 [3]。

参考文献
1. Langmead & Salzberg. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat Methods 9, 357-359 (2012).
2. Robinson et al. Integrative Genomics Viewer. Nat Biotechnol 29, 24–26 (2011).
3. Ramírez et al. deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis. Nucleic Acids Res 8, 44 (2016).
4. Liu T. Use model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) to analyze short reads generated by sequencing protein-DNA interactions in embryonic stem cells. Methods Mol Biol 1150, 81-95 (2014).
5. Zang C et al. A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data. Bioinformatics 25, 1952-1958 (2009).
6. Evans et al. Ybx1 fine-tunes PRC2 activities to control embryonic brain development. Nat Commun 11, 4060 (2020).
7. Laczik M et al. Iterative Fragmentation Improves the Detection of ChIP-seq Peaks for Inactive Histone Marks. Bioinform Biol Insights 10, 209-224 (2016).
8. Meers et al. Peak calling by Sparse Enrichment Analysis for CUT&RUN chromatin profiling. Epigenetics Chromatin 12, 42 (2019).
9. Yu F et al. CUT&RUNTools 2.0: A pipeline for single-cell and bulk-level CUT&RUN and CUT&Tag data analysis. Bioinformatics 38, 252-254 (2021).
10. Schep AN et al. chromVAR: inferring transcription-factor-associated accessibility from single-cell epigenomic data. Nat Methods 14, 975-978 (2017).
11. Love MI et al. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol 15, 550 (2014).
Multiomic screening platform uncovers the impact of histone mutations on chromatin and cell fate

Ye Ziyang, Khademi Alireza, ..., Soto-Feliciano Yadira M.

bioRxiv  |  2026 Apr 17

Tau-induced elevation in promoter-proximal RNA polymerase II pausing is linked to decreased expression of long neuronal genes in a Drosophila tauopathy model

Cottingham Kendall Souder, Goodarzi Nima, ..., Hall Hana

bioRxiv  |  2026 Mar 30

HOX code-based stratification reveals RUNX1T1-HDAC reprogramming as a targetable driver of lineage plasticity across cancers.

Yuyin Jiang, Siyuan Cheng, ..., Ping Mu

Cancer letters  |  2026 Mar 28  |  41912135

Spatially-resolved single cell atlas of liposarcoma reveals lineage hierarchies, immune niches, and regulatory circuits

Denu Ryan A., Kochat Veena, ..., Rai Kunal

bioRxiv  |  2026 Mar 25

The elongation of Mest transcript into MestXL sustains, but does not initiate, the maternal allele bias of its convergent gene Copg2 during neurogenesis

Perillous Sophie, Fromaget Anne-Charlotte, ..., Arnaud Philippe

bioRxiv  |  2026 Mar 16

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靶下切割和释放(CUT&RUN)文库制备试剂盒借助独特的试剂，为 Illumina® 测序实现高保真度的文库构建。该试剂盒配备了经过优化的简化流程，专门适用于高灵敏度的 CUT&RUN 应用，包括低细胞投入量的相关实验。

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